സ്വാമി ശാശ്വതീകാനന്ദയുടെ മരണത്തില് സര്ക്കാര് തുടരന്വേഷണം പ്രഖ്യാപിച്ചു. മരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് സുപ്രധാന വെളിപ്പെടുത്തലുകള് ഉണ്ടായ സാഹചര്യത്തിലാണ് തീരുമാനം. ആഭ്യന്തരമന്ത്രി രമേശ് ചെന്നിത്തലയാണ് ഇക്കാര്യം അറിയിച്ചത്. ക്രൈംബ്രാഞ്ച് എഡിജിപി എസ്. ആനന്ദകൃഷ്ണന്റെ മേല്നോട്ടത്തില് എസ്പി പി.കെ മധുവിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള പ്രത്യേക സംഘമായിരിക്കും അന്വേഷണം നടത്തുക. നീന്തലറിയാവുന്ന സ്വാമി എങ്ങനെ മുങ്ങിമരിക്കുമെന്ന് ഹൈക്കോടതി നേരത്തെ സംശയം പ്രകടിപ്പിച്ചിരുന്നു. ശാശ്വതീകാനന്ദയുടെ മരണത്തില് തുടരന്വേഷണം ആവശ്യപ്പെട്ടു ശിവഗിരി മഠാധിപതിയും ശ്രീനാരായണ ധര്മ സംഘം ട്രസ്റ്റ് പ്രസിഡന്റുമായ സ്വാമി പ്രകാശാനന്ദയും രംഗത്തെത്തിയിരുന്നു.
വെള്ളപ്പള്ളി നടേശനു വേണ്ടി വാടകക്കൊലയാളി പ്രിയനാണ് കൃത്യം നിര്വഹിച്ചതെന്ന് ബിജു രമേശ് വെളിപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. സ്വാമിയുടെ മരണശേഷം ഒട്ടേറെ രേഖകള് മഠത്തില് നിന്നും കടത്തിക്കൊണ്ടുപോയതായും ബിജു രമേശ് ആരോപണമുന്നയിച്ചിരുന്നു. ഈ വെളിപ്പെടുത്തലുകളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിലാണ് തുടരന്വേഷണം പ്രഖ്യാപിച്ചിരിക്കുന്നത്. തുടരന്വേഷണത്തെ സ്വാഗതം ചെയ്യുന്നതായി പ്രിയന് പറഞ്ഞു. തനിക്കെതിരെ ആരോപണം ഉന്നയിച്ച ബിജുരമേശ് തെളിവുകള് ഹാജരാക്കണമെന്നും ബിജു രമേശിനെയും ചോദ്യം ചെയ്യണമെന്നും പ്രിയന് ആവശ്യപ്പെട്ടു. 2002 ജൂലൈ ഒന്നിനാണ് ശാശ്വതീകാനന്ദയെ പെരിയാറില് മുങ്ങിമരിച്ച നിലയില് കണ്ടെത്തിയത്.
അതെസമയം, ക്രൈംബ്രാഞ്ച് വീണ്ടും അന്വേഷണം നടത്തുന്നതില് തൃപ്തിയില്ലെന്നു ശാശ്വതീകാനന്ദയുടെ സഹോദരി ശാന്ത പറഞ്ഞു. കേസ് നേരത്തെയും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അന്വേഷിച്ചതാണ്. എന്നിട്ട് കാര്യമായ പുരോഗതിയൊന്നുമുണ്ടായില്ല. അതിനാല് സിബിഐ അന്വേഷണം വേണമെന്ന ആവശ്യത്തില് ഉറച്ചു നില്ക്കുന്നതായും ശാന്ത വ്യക്തമാക്കി.